Planeeringu kooskõlastamine on kohtupraktikas korduvalt ja põhjalikult käsitletud – täpsustatud on selle tähendust ja vaidlustamise võimalusi.
Kohtud on selgitanud, et kooskõlastus on menetlustoiming ning ei kujuta endast iseseisvat haldusakti. Seega ei ole reeglina kooskõlastuse vaidlustamine kohtus võimalik. Kooskõlastuse, nõusoleku, heakskiidu vms iseseisev vaidlustamine on võimalik tingimusel, kui sellest tuleneb nt omavalitsusele siduv keeld lõpliku otsuse tegemiseks. Näitena saab tuua olukorra, kus Keskkonnaameti keeldumine välistab projekteerimistingimuste andmise omavalituse poolt.